我国的水环境目前面临4个主要问题：水体污染、河湖萎缩退化、地下水超采和水土流失。
水体受到人类活动的影响而使水的感观性、物理性质、化学成分、生物组成以及底质状况等发生恶化的现象称为水体污染。水体污染使水的使用价值降低，给水生生物和用水者造成危害，并加剧水资源短缺的矛盾，是当今最突出的环境问题之一。
由于人类社会的发展，工农业和生活用水不断增加，水资源开发力度不断加大，河流天然径流不断减少。水土资源开发利用不尽合理而导致的部分江河断流及部分平原地区的河湖萎缩退化已经成为又一个严重的水环境问题。
由于地表水资源贫乏和水污染加剧，一些地区对地下水进行掠夺式开发。当在一定时期和开采水平下，多年平均地下水开采量超过多年平均的地下水可开采量，会造成地下水位持续下降的现象称为地下水超采。
在水力、风力、地震、开垦等外部因素的作用下，造成水土资源和土地生产力的破坏和损失的现象称为水土流失。水土流失会导致土地资源破坏，耕地养分流失，减少农业耕作面积；山洪泥石流灾害加重，威胁人民生命财产的安全；氮磷和农药进入水系，污染水源等严重的环境问题。
值得注意的是这些环境问题往往相互交叉、互为因果，如河湖萎缩退化会降低水体自净能力，加重水体污染；地表水体污染会促使地下水超采和污染；水土流失也会导致水体污染等。
