生物滤池一般采用轻质填料，例如大孔径波纹塑料填料、蜂窝型塑料或玻璃钢填料及塑料阶梯环、鲍尔环等。填料分层装填，每层高度一般不超过3m。为利于布水均匀，层与层之间要留一定空隙。生物膜是生物膜法的主体，而填料是生物膜的载体。填料的比表面积越大，生物膜量就越多，净化功能越强。孔隙率大，生物滤池不易堵塞、通风良好，可以为生物膜提供足够的氧。但比表面积和孔隙率存在矛盾，为生物滤池选择合适的填料是使生物滤池正常运行最基础的工作。
（2）填料层的高度
污水首先进入填料层的上部，这个部位填料上的生物膜中微生物营养物质充分，因而微生物繁殖速度较快，种类以细菌为主，因为此处生物膜量大，对有机物的去除量也较大。随着填料层深度的增加，污水中有机物的含量减少，生物膜量也减少，高级的原生动物和后生动物等微生物种类在生物膜中逐渐增多，对有机物的去除量却逐渐降低。
（3）供氧
生物滤池中微生物所需的氧通常是靠自然通风提供。当水温高于气温的差值越大、滤池越高、填料层孔隙率越大时，自然通风的效果就越好。为保证通风效果，集水池最高水位于最下填料层底面之间的净空间至少要有0.5m，塔底部四周的通风口面积要不小于滤塔截面积的7.5％～10％。当污水中有难闻气味或有毒的挥发性有机物含量较大时，应该设置机械通风设施，并将排出的尾气进行过滤处理或在塔顶经过淋洗处理后高空排放。风机提供的风量与水量之比要在100：1～150：1之间。
（4）负荷
生物滤池的负荷分为有机负荷与水力负荷两种。有机负荷高的生物滤池，生物膜的增长较快。为防止滤池填料层堵塞，就需要较高的水力负荷，予以较大的冲刷力，降低生物膜的厚度，使其保持较高的活性。对浓度一定的有机污水，待处理污水量固定后，有机负荷也就固定了，为防止滤池填料层堵塞、提高水力负荷，可以用回流部分处理后水的方法来实现。
（5）回流
回流除了可以提高水力负荷、增加冲刷力外，还可以稳定滤池进水量，使滤池运行稳定。当污水浓度较高、缺少营养元素或含有有毒有害物质时，回流还可起到补充营养、稀释污水的作用。回流比可根据运行经验确定，实际操作中要根据进水水质的变化情况随时调整。
