原生动物，如Attobacter，硫细菌，Twisted属和Neomorpha，常在活性污泥缺乏溶解氧时出现。同时，在高负荷和通气不足的条件下，出现了大量小鞭毛。此时，应采取诸如增加通气的措施以增加溶解氧的量。当溶解氧较高时，经常会出现变形虫，肉虫和轮虫等生物。此时，应采取减少曝气，增加污泥回水率等措施，提高污泥浓度，减少污泥负荷。
