调试初期主要控制运行参数为水力负荷(即上升流速)和停留时间，污泥浓度和污泥泥位，排泥和回流污泥。根据一般情况下设计参考值，上升流速为0.5-1.8m/h，污泥浓度在10-20g/l，停留时间在5-8h，泥位(上清液高度)应保持在1.2-2m之间，是比较稳定的系统。
在这个范围内，污泥浓度与上升流速、停留时间是成反比例关系的，初期由于MLSS比较少，且没有达到一个相对比较稳定的系统，所以减小上升流速，延长停留时间，可以保证污泥浓度的升高。
由于在驯化阶段，已将污水调整至正常来水浓度，所以取低上升流速为初期的对策，具体数值需参考实际设计参考值。初期阶段，污泥回流是十分有需要的，当然，这需要与来水流量配合，以保证要求的上升流速。
连续进水观测几天，如保持到设计范围值标准，出水指标无大的变化时，根据情况调整水力负荷(上升流速)，包括加大回流，加大进水量，由于厌氧调试变化比较慢，污水情况良好的话，一般在1个月左右，调整的过程中不能太快。
这段时间，可以根据MLSS的量，或者出现大量悬浮的污泥时，调整排泥量。整个系统是以稳定为主，不要过度的追求降解效果，做好日常检测，主要注意各项指标的变化情况，如果前后变化比较大，说明有问题需要调整。
